::목표::

  1. genice source code를 활용해 Clathrate hydrate의 구조들을 제작해볼 수 있습니다.
  2. GROMACS 구동에 필요한 기본 파일 타입들을 학습합니다.
  3. 생성한 분자 좌표 파일과 GROMACS 내장 Force fields를 활용해 간단히 MD 시뮬레이션을 진행해봅니다.
  4. 진행된 시뮬레이션을 간단히 분석해볼 수 있습니다.

Table of Contents:

1. GenIce 소개

<aside> <img src="/icons/light-bulb_gray.svg" alt="/icons/light-bulb_gray.svg" width="40px" /> ::2023-04-18 updated:: 로컬 컴퓨터에서 GenIce를 구동시키는 것이 생각보다 쉽지 않아, 하이드레이트 생성을 모두 Colab 작업 환경으로 대체합니다.

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<aside> <img src="/icons/cursor_gray.svg" alt="/icons/cursor_gray.svg" width="40px" /> 클릭만으로 손쉽게 하이드레이트 구조를 제작해보고 싶다면, 아래 링크에 접속해보세요! (Colab Notebook) (혹시라도 링크가 만료되면 알려주세요.)

Google Colaboratory

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(1) Repository 간단 소개

Github를 둘러보면, 다양한 사람들이 작성해놓은 다양한 코드들이 존재하는 것을 알 수 있습니다.

그 중에는 하이드레이트 시뮬레이션에 특히 유용한 소스 코드들도 즐비하는데, 이 튜토리얼에서는 GenIce repository를 소개하지 않을 수가 없습니다.

Okayama 대학교의 Masakazu Matsumoto 교수님이 작성하신 이 repository 안에는 가스 하이드레이트의 분자 구조를 손쉽게 제작할 수 있는 다양한 모듈들이 있습니다. 다양한 상황에 대비하여 하이드레이트의 구조를 변형하고, 포집되는 기체의 종류도 커스터마이징할 수 있습니다. 때문에 많은 선행 논문들에서 이 repository를 사용하였고, 저 또한 하이드레이트 시뮬레이션을 진행할 때 해당 repository를 유용하게 잘 활용하고 있습니다.

(2) 사용 예시

예를 들어, 다음과 같은 형태의 clathrate structure를 만들고 싶다고 가정해봅시다.