시뮬레이션 구동 전 후에 따라 사용자는 원하는 분자들만 선택해야하는 경우가 있습니다. 예를 들어, 특정 residue만 추출한다던지, 특정 영역에 있는 원자들만 선택하는 등의 작업 등이 그것입니다. 이 문서에서는 GROMACS 기반 파일들의 특정 분자들만 선택해보는 방법들에 대해 알아보도록 하겠습니다.
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<aside> <img src="/icons/checkmark_gray.svg" alt="/icons/checkmark_gray.svg" width="40px" /> VSCode, Sublime text, Jetbrain PyCharm 등 파이썬을 정상 구동시킬 수 있는 환경을 조성하세요.
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다행히도, GROMACS 소스 코드에는 아주 친절한 기능이 포함되어 있습니다. 바로 인덱싱 기능입니다. 인덱싱을 활용하면, 보다 쉽게 시뮬레이션 시스템 내에 있는 분자들 중, 특정 분자 혹은 원자들만 선택할 수가 있습니다. 보다 상세한 설명은 아래 링크를 활용해주시기 바랍니다.
gmx make_ndx - GROMACS 2023 documentation
실습을 위하여, 제가 준비한 임의의 .gro 파일을 다운로드 해주시기 바랍니다.
해당 파일은 TIP4P 물 분자만으로 구성된 Hexagonal ice 구조입니다. 시각화하면 다음과 같습니다.
test.gro 시각화
이 분자들 중, 특정 원자들만 선택하는 것이 가능합니다. OVITO나 VMD 중 원하시는 프로그램을 열어, 특정 물 분자 하나만 골라보도록 하겠습니다.
OVITO의 경우, Add modification - Selection - Manual selection 메뉴를 오픈하면 마우스 클릭으로 특정 원자만을 선택하는 것이 가능합니다.
산소 원자 하나를 선택.
저는 우측 상단의 산소 원자 하나를 클릭하여 선택하였습니다.
오비토 내에서 정보를 확인하면 다음과 같습니다.
